巧克力囊腫
1.病史 重點詢問月經史、孕產史、家族史及手術史。特別注意疼痛或痛經的發生發展與月經和剖宮產、人流術、輸卵管通液術等手術的關係。
2.婦科檢查 除雙合診外，應特別強調必須進行三合診檢查。卵巢子宮內膜異位症者，在附件區可觸及與子宮或闊韌帶、盆壁相粘連的囊性腫塊，活動度差，往往有輕度觸痛，囊腫直徑一般小於10cm。
3.腹腔鏡檢查 腹腔鏡檢查是目前臨床上診斷卵巢巧克力囊腫效果最好的方法，主要是在腹腔鏡的輔助下對盆腔進行窺視，能夠精確的找到子宮內膜異位的位置以及病因，並且對其進行精確的診斷。
可採用藥物或（和）手術治療（保守性或根治性）。迄今為止，除根治性手術外，尚無一種理想的根治方法。無論是藥物治療抑或保守性乎術均有相當高的復發率。因此，應根據患者年齡、症狀、體征、病變範圍以及對生育要求等加以選擇，強調個體化治療。症狀輕或無症狀的輕微病變選用期待治療；有生育要求的輕度患者明確診斷後先行藥物治療，病情重者行保留生育功能手術；年輕無生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手術，並輔以藥物治療；症狀及病變均嚴重的無生育要求患者可行根治性手術。
手術方式有開腹手術和經腹腔鏡手術兩種。腹腔鏡手術是本病最佳處理方法。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異症治療的金標準。有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異症的首選治療方法。但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決於設備、器械和手術者的經驗及技巧。開腹手術可用於腹腔鏡條件不具備或非常複雜的手術，如嚴重粘連和有多次手術史者。
不孕 約有50%左右內異症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，約30-40%患內異症。內異症患有不孕，常因病變造成盆腔腫塊、粘連、輸卵管堵塞卵泡發育不好或排卵障礙等因素引起；而一旦懷孕則異位內膜受到抑制而萎縮，對內異症起到很好的治療，習慣性流產病例中有部分為子宮內膜異位症所致。
痛經 內異症的臨床特徵為漸進性痛經，是常見而突出的特徵，多為繼發性，即自發生內膜異位開始，患者訴說以往月經來潮時並無疼痛，而從某一個時期開始出現痛經，可發生在月經前、月經時及月經後。有的痛經較重難忍，需要臥床休息或用藥止痛，甚至痛得“滾炕”或撞頭，疼痛常隨著月經週期而加重，月經結束而消失，但國內報導有21%約無痛經。 週期性直腸刺激症狀：進行性加劇的週期性直腸刺激症狀罕見於其他婦科疾病，是診斷本症最有價值的症侯。直腸、肛門、外陰部墜脹、墜痛、裏急後重感和大便次數增多。當病變逐漸加重時，症狀日趨明顯，而經後症狀消失。
月經不調 內異症患者常有月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象，說明患者有卵巢功能障礙表現。月經不調可作診斷參考，但在鑒別診斷中並無價值。
性交痛 當存在於陰道穹窿部異位子宮內膜結節、直腸凹陷結節或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產生性交痛。闊韌帶後葉病灶纖維化增生及收縮明顯時，可以外源性壓迫輸尿管，使其狹窄阻塞，亦可能出現泌尿系統症狀，嚴重的可發生輸尿管積水或腎盂積水。
週期性膀胱刺激症狀 當內異症病變累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌層時，會同時出現經期尿急、尿頻等症狀。若病變侵犯膀胱粘膜（膀胱子宮內膜異位症）則有週期性血尿和疼痛。 巧克力囊腫經期或行經前後的急腹症：一般為卵巢子宮內膜囊腫，有穿破的特點，多數患者因卵巢囊腫扭轉或宮外孕而急診手術。若不手術而好轉時，盆腔粘連加重，今後還會反復破裂發生急腹症。
週期性下腹不適 本症狀的出現率高於痛經，無痛經的內異症患者常存在於本症狀。出現於輕症患者，或某些病變雖較重但由於痛閾的個性差異或其他原因，不產生痛經症狀而僅有經期腰酸、下腹墜脹不適感。 腹壁疤痕及臍部的子宮內膜異位症則出現週期性局部腫塊及疼痛。內在型子宮內膜異位症患者往往子宮脹大，但很少超過3個月妊娠。如為後位子宮，往往粘連固定。在子宮直腸窩、子宮骶韌帶或宮頸後壁常可觸及1-2個或更多硬性小結節，如綠豆或黃豆大小，多有明顯的觸痛，肛診更為明顯，這點很重要。卵巢囊腫可長至拳大，由於常有囊腫內容物外溢和異位內膜出血，盆腔臟器粘連加重成冰凍盆腔狀，即是所謂廣泛內異症。病變程度輕重不同時體征差別很大。
腹膜炎 生長在卵巢的巧克力囊腫，囊壁常常很糟脆，具有一種自發破裂的傾向。囊腫破裂後，小的破口可以很快自行癒合，並與周圍組織形成粘連；如果破口較大，則無法自行癒合，其濃稠的巧克力樣囊內液可流入腹腔，這種巧克力樣液體的刺激性極強，可刺激周圍的腹膜，引起劇烈的腹痛，如果處理不及時，還可能導致彌漫性腹膜炎，造成致命的後果。